Ravinto on erittäin oleellinen suoliston bakteerikannan muokkaaja. Suoliston hyvinvoinnin kannalta on tärkeää saada riittävästi suolen toimintaa ylläpitäviä kuituja ja välttää bakteerikantaa vääristäviä tekijöitä kuten runsasta sokerin, valkoisten vehnäjauhojen ja lihan käyttöä, sekä ylensyöntiä.
Vieraiden aineiden runsas määrä ravinnossa vaikuttaa mikrobitasapainoon. Häiriintynyt mikrobisto saattaa tuottaa haitallisista aineista vielä vaarallisempia komponentteja, kun taas terve mikrobisto pyrkii poistamaan haitalliset aineet elimistöstä.
Nykyinen ruoka on usein valmistettu lähes mikrobittomaksi käyttämällä pastörointi- ja sterilointimenetelmiä ja säilöntäaineita, joilla on antimikrobisia vaikutuksia paitsi ruoassa myös suolistossa. Luonnollisten, hyödyllisten mikrobien puuttuminen ruoasta on tarjonnut haitallisille bakteereille ja homeille enemmän elintilaa. Tällä voi olla merkitystä ihmisen normaalibakteeriston hyvinvoinnille.
Mikrobistoon vaikutetaan myös muilla elintavoilla ja ympäristöllä. Tutkimusten mukaan stressikin vaikuttaa haitallisesti suolistomikrobistoon. Lisäksi mikrobistoon vaikuttavat haitallisesti ympäristön raskasmetallit (myös esimerkiksi amalgaamipaikkojen elohopea) ja säteily.
Artikkeli: Provita Oy:n luontaistuotealan ammatillinen koulutus. Luonnonmukaisen terveydenhoidon kurssi (Vatsa ja suolisto. Marja Ruuti. Susanna Juvonen. 2016).